En las calles de la Puebla también existe una red de antiguos albergues y hospitales (siglos XIV-XVI) para atención de peregrinos y enfermos. Se conservan la Enfermería de Monjes (parte de la Hospedería del monasterio), y los de San Juan Bautista (o de Hombres, hoy dependencia del Parador de Turismo), Nuevo (o de Mujeres), la Pasión y San Sebastián. En el Hospital de San Juan se practicó por primera vez en España, con autoridad pontificia concedida por el papa Eugenio IV en 1442, la cirugía y disección por cirujanos frailes y seglares.